Nel periodo compreso tra la metà del XVI e gli ultimi anni del XVII secolo la perdita di gran parte della documentazione dell'archivio storico comunale, non ci consente di stabilire se vi siano stati particolari cambiamenti nelle istituzioni. L'anno cruciale per la documentazione è il 1799: si verificò, infatti, la distruzione di una gran quantità di carte comunali in un rogo sulla pubblica piazza. Scrive il Guerrini nella sua "Storia della terra di Fratta, ora Umbertide": "allorquando nel 1799 una masnada di scellerati briganti con cieco vandalismo e furore incendiava nella pubblica Piazza, come infame olocausto a pié dell'albero della Libertà, tutti i libri e le Carte del Municipio". A partire dalla metà del XVIII secolo si assiste ad una stanchezza nei confronti della assunzione di responsabilità pubbliche ed a un progressivo aggravamento di alcuni problemi, quali la formazione del bussolo (per scegliere le varie figure istituzionali) e la scelta degli ufficiali. Da quel momento vennero introdotte norme e figure istituzionali nuove che consentissero il corretto funzionamento del governo della Comunità di Fratta. Fu così che dal punto di vista della gestione delle cariche pubbliche  si continuò con una certa difficoltà organizzativa, fino al quando nel 1787  Pio VI, ad aprile 1785, con una nomina dell'allora governatore generale dell'Umbria, il monsignor Angelo Altieri, trovò nell''avvocato perugino Silvestro Bruschi, il giudice commissario e visitatore generale delle comunità del territorio di Perugia compresa la Comunità di Fratta. Il 28 gennaio del 1787 si tenne così il consiglio generale di Fratta ed emersero, in base a quanto riportano Sargentini Cristiana e Santolamazza Rossella che hanno curato la voce Fratta/Umbertide nel sito della SIUSA, "vistose irregolarità amministrative da ascrivere alle commistioni nell'esercizio delle funzioni assunte dagli amministratori, alle quali si aggiungeva un pesante indebitamento di Fratta nei confronti di Perugia. Vennero pertanto proposti due assistenti sugli affari pubblici, il canonico don Emanuele Cantabrana e il laico Paolo Mazzaforti, come pratici degli interessi della comunità; inoltre, avendo rilevato che il numero dei consiglieri non era fisso, Bruschi ordinò che l'imbussolamento si svolgesse alla sua presenza. Il suo decreto stabilì che era indispensabile la presenza di almeno ventiquattro consiglieri, <<persone possidenti, di buon costume, e capaci>>, lo stesso numero, cioè, degli individui che componevano il bussolo della magistratura, fino a raggiungere il numero massimo di trenta con i membri onorari; e che, per la validità della seduta, erano necessari almeno i due terzi dei consiglieri. Particolare attenzione fu riservata alla redazione e conservazione delle pubbliche scritture, in modo tale che <<ad ognuno dei quattro priori si consegni la sua chiave della publica cassa, ove oltre i documenti, e ricevute originali interessanti la comunità si tenga onninamente chiuso il sigillo grande custodiale e gli altri tutti, eccetto quello delle lettere da rimanere presso il segretario, secondo il solito>>; inoltre, che <<sia cura del magistrato il farsi, che dal segretario si tenghino tutti li libri con esattezza, e sia sempre al paro nel registro degli atti>>". Silvestro Bruschi concluse il verbale della visita alla Comunità di Fratta con una approvazione datata  16 settembre 1787.

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Stava arrivando l'epoca della Rivoluzione francese e poi napoleonica, anche per un territorio poco importante come quello di Fratta arrivarono dei cambiamenti. Con la proclamazione della Repubblica romana, il 15 febbraio 1798, i principi innovativi della politica amministrativa francese entrano di pieno diritto negli ex territori pontifici. La carta costituzionale, pubblicata il 17 marzo, contempla la classica tripartizione tra potere legislativo, affidato a due Camere (Senato e Tribunato), potere giudiziario, esercitato da giudici elettivi ed inamovibili, ai tribunali, potere esecutivo attribuito a cinque consoli. Da questo dipendono quattro ministeri (giustizia e polizia, interno, finanze, guerra marina e affari esteri), la grande questura (tesoreria nazionale) e la grande contabilità (computisteria nazionale).Il territorio dello Stato è diviso in otto dipartimenti: del Metauro (Ancona), del Musone (Macerata), del Tronto (Fermo), del Trasimeno (Perugia), del Clitunno (Spoleto), del Cimino (Viterbo), del Tevere (Roma), del Circeo (Anagni). A loro volta i dipartimenti sono articolati in cantoni, ed entro quest'ultimi, che costituiscono la minore delle circoscrizioni statali, le antiche comunità pontificie subiscono un incisivo processo di omogeneizzazione, in quanto soltanto i centri con più di 10.000 abitanti costituiscono una municipalità propria, retta da edili, mentre gli altri vengono raggruppati fino a raggiungere questa soglia minima di popolazione. Fratta divenne così parte del Dipartimento del Trasimeno, con sede in Perugia, come "Cantone" con il suo prefetto consolare: Giuseppe Savelli.  Venne inoltre organizzata la compagnia locale della Guardia nazionale, con un proprio comandante, fu abbattuto lo stemma pontificio e fu dato al Comune il nome di municipalità. Ma la Repubblica dopo 18 mesi cadde con la resa (29 settembre 1799) agli eserciti napoletano ed austriaco. Fratta ritornò così di nuovo sotto lo Stato della Chiesa.

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